První pronásledování 
korunu se ovšem ukázala lichou a tím přešlo i pokušení, které Jiřího hrozilo zlákat. On však i nadále upřímně hleděl ke smíření s papežem, ovšem na základě kompaktát. Papež Pius II. odpověděl českému poselstvu, do Říma v té věci vypravenému [1462], odvoláním basilejských článků; kompaktáta byla prý míněna jen pro generaci, jíž byla povolena. Ale Jiří tím více trval při jejich platnosti a tím více dbal, aby Čechům nemohlo být vytýkáno, že jich nedodržují trpěním učení, které se od římského uchyluje nad míru kompaktáty vytčenou. A tu bylo právě na Bratry poukazováno jako na disidenty. 
Z mnoha důvodů. Bratří odmítali transsubstanciaci a činili odtud i nápadný důsledek: nevystavovali svátost a neklaněli se jí tím spíše, že svátostný chléb jim byl pravým tělem Kristovým jen ve chvíli přijímání. Tu věřili, že ,nevidomě skrze víru jedie tělo Pána Ježíše pravé', které ,na kříži visalo a to jest s božstvím spojeno'. [Akty I. 66.] Z uvedených slov je patrné, že figurativní názor rovněž odmítali. Vyslovovali thesi, před níž se zarážel nejen Rokycana, ale i Chelčický, že zlý kněz neposvěcuje. Zjednodušovali obřady. Večeři Páně podávali ve všedních nádobách a místo hostie užívali chleba, aby nic zevního neodvádělo od duchovního smyslu svátosti. Prohlašovali vysoké požadavky na působnost i soukromý život kněze; a naopak zase kněží bratrští, pověření ještě službou svým farnostem podobojí, spojovali se zpovědí kázeň v míře tak přísné, že se jí mimobratrští osadníci nechtěli podvolovat. Odmítali přísahu - v tom nebyli zcela výjimkou; i jiné zbožné kruhy české zastávaly totéž stanovisko, známé ovšem také jako příznak valdenství. Tím vším na sebe Bratří upozorňovali. A k tomu vystupovali na veřejnost zejména misijní činností Řehořovou, jenž zápasilo duše k jejich spasení a získával nové Bratry tu i onde, nedbaje na dojem, jaký způsobí třeba i přijetí někdejších - byť kajících - adamitů. 
. Jednota nebyla ani ve svém dobrovolném ústraní mimo dohled veřejnosti. A dráždila nevůli kněží, dotčených vysokými požadavky, které Bratří kladli právě na kněze. Byli pomlouváni pro svá soukromá shromáždění. I královna se dala proti nim zaujmout. Roznášelo se o nich, že pomýšlejí na brannou vzpouru jako někdy táboři. 
40 
Vězení. Obrany. Martin 
Jiří konečně nemohl nedbat žalob, které mu docházely, i když Rokycana hleděl Bratry chránit. Kněz Michal byl r. 1460 vězněn. Rokycana mu podle všeho pomohl na svobodu, ale musil se pak uchýlit z Kunvaldu na sousední panství rychnovské. Část kunvaldských Bratří odešla za ním k radosti rychnovského pána, jenž vítal pilné poddané. Příštího roku obnovil král starodávné zákony proti kacířům. V Praze byla uvězněna řada Bratří, mezi nimi pět studentů. Po mučení a po delším věznění vyvázli ti, kteří odvolali v chrámu Rokycanově, jehož patrně přičiněním byla jim předepsána co nejmírnější odvolací formule. Týkala se hlavně učení o svátostech. Odvolání studentů bylo ovšem formulováno přísněji. Dva. z nich vytrvali a dostali se na svobodu jeden po dvou, druhý až po desíti letech. I venkovští Bratří byli stiháni, takže se musili na mnoha místech skrývat. 
Také Řehoř byl zatčen, ale jeho rytířský původ jej uchránil od skřipce. Brzy vyvázl i z vězení. Hájil své spolubratry apologiemi, v nichž vyslovoval stěžejní bratrské zásady.,Zejména zdůvodňoval po Chelčickém novozákonními doklady odpor proti zasahování světské moci do duchovních věcí. Zásada, že k víře nutit je proti smyslu evangelia, zůstala pro Bratry provždy příznačná. Řehoř se obrací proti kněžím jako proti předním původcům pronásledování - i to bude stálý tón v bratrských obranách - a ovšem odmítá pomluvy, že Bratří pomýšlejí na politickou akci, či dokonce na povstání, když se to zcela příčí jejich víře. Jeho řeč je statečná a přímá. Bratří by mohli mstít své zmučené, ale nečiní toho, protože jim je trpělivost předním příkazem křesťanské lásky. Mučednictví jen zvýší počet věřících. Není strachu z utrpení maličkého Božího stádce, ale král a páni nechť pováží, že Bůh bude trestat království, v němž se děje křivda jeho pravdě. 
Roku 1463 byl vězněn a Rokycanou vyslýchán kněz Martin z Krčína. Šlo opět o kázeň při podávání večeře Páně, o její pojetí a o řád při jejím vysluhování. Nevíme, kdy Martin vyšel ze žaláře, a vůbec není dalších bezpečných zprávo jeho životě. Snad brzy zemřel, anebo nesetrval na cestě trpělivosti a přiklonil se k táborskému radikalismu a od Jednoty se oddělil. Krčínský sbor se udržel. 
41